Los ríos del departamento de Pando corresponden en su integridad a la cuenca del Amazonas; los principales son: Acre (hace frontera con el Brasil); Orthon (que nace de la unión del Manuripi con el río Tahuamanu); Madre de Dios (Que nace en el Perú con el nombre de río Manu, hace frontera con el norte del departamento de La Paz); Buyumanu; Karamanu; Mapiri o Manu; Manurime, Genechiquia, Chipamanu (hace frontera con el Brasil) y Abuná. El río Chipana, el río Negro, el río Manuripi, el río Beni con su afluente el río Madidi. El río madera, no es navegable debido a que sus aguas caen en repetidos sitios llamados cachuelas. Las cachuelas comienzan en Guayaramerín (sobre el río Mamoré) y se prolongan hasta Porto Velho.