Los primitivos grupos étnicos del Departamento, disminuidos y en peligro de extinción son: Caripuna, Machicangas Cavineño, Esse Ejja – Chama, Pacahuara, Takana, Toromona y Yaminahua.

La etnia pacahuara del departamento de Pando, una de las etnias al borde de la extinción en Bolivia, el conteo efectuado en 2004 por la Confederación Nacional de Naciones Indígenas Originarias de Bolivia (CONNIOB) estableció que sólo quedan 17 miembros originarios en una comunidad asentada casi en el límite entre los departamentos de Beni y Pando.